Darüber, welche Datenbankengine man in MySQL am besten benutzt, wurde schon viel geschrieben. So viel, dass ich immer wieder den Überblick verliere. :) Also hier meine persönliche Zusammenfassung, die ich ja eigentlich auch gleich veröffentlichen kann um das Rauschen weiter zu verstärlen. :)
InnoDB
+ Schützt besser vor Datenkorruption
+ einfacheres Backup (muss nicht lange gelockt werden)
MyISAM
+ einfachere Struktur erlaubt leichter Hilfsmittel von Dritten
+ braucht weniger RAM und Festplatte
+ viel Software ist darauf optimiert, weil Standardengine
Was nun schneller ist, ist unklar – hängt davon ab, wen man fragt. :) Aber wegen der Datensicherheit erscheint mir InnoDB attraktiver.
Quellen:
MySQL Engines: MyISAM vs. InnoDB
MySQL table types (OpenX 2.8 Doku)